分公司签的合同起诉总公司是合法的，法律依据《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。
分公司不具有法人资格，因此分公司对外签的合同，起诉时，一般以总公司的名义起诉。但依据《民事诉讼法》第49条和《民诉意见》第40条，依法设立的分公司是“法人依法设立并领取营业执照的分支机构”，可以作为其他组织成为民事诉讼的当事人，具有诉讼资格。
一、民事诉讼的流程
1、起诉
2、经审查受理后将起诉书副本送达被告；
3、被告在十五日内提交答辩状，在五日内将答辩状副本送达原告如果被告不提交答辩状，不影响审理；
4、决定开庭审理的案件，在三日前通知当事人并公告；
5、法庭调查阶段包括：当事人陈述；告知证人的权利义务，证人作证，宣读未到庭的证人证言；出示书证、物证和视听资料；宣读鉴定结论；宣读勘验笔录；
6、法庭辩论包括：原告及其诉讼代理人发言；被告及其诉讼代理人答辩；第三人及其诉讼代理人发言或者答辩；互相辩论。法庭辩论终结，由审判长按照原告、被告、第三人的先后顺序征询各方最后意见；
7、法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。
8、判决宣告。